陈默和秦轩主动请缨，带领外交使团乘坐装备隐形与防御技术的“和平使者号”飞船前往神秘文明所在星系。抵达后，却被一道强大的能量护盾阻挡在外。使团尝试发送和平沟通信号，许久后收到回复，要求他们独自进入，否则将发动攻击。
陈默和秦轩不顾危险，进入能量护盾。眼前是一座巨大的太空城市，周围布满先进武器。神秘文明代表现身，态度强硬，指责联盟探索行为扰乱宇宙秩序。陈默耐心解释联盟探索旨在维护宇宙和平，展示之前解决危机成果，希望能消除误解 。
神秘文明代表听完陈默的解释，态度稍有缓和，但仍心存疑虑。他们质疑联盟的真正动机，认为宇宙中资源有限，各方迟早会为争夺资源而战，联盟的扩张性探索行为威胁到了他们的安全。
这时，秦轩站出来，提议双方共享资源探测数据，建立资源分配协调机制，避免因资源问题产生冲突。神秘文明代表对此表示出一定兴趣，但要求联盟先停止当前的探索任务，作为诚意的证明。
陈默和秦轩陷入两难，停止探索任务会影响联盟对宇宙未知的研究和保护计划，可若不答应，和平谈判可能破裂。经过短暂商议，陈默诚恳地向神秘文明代表说明，联盟的探索任务不仅是为了获取资源，更是为了提前发现潜在的宇宙危机，比如之前的能量风暴，若未能及时解决，整个宇宙包括神秘文明都将受到威胁。
为了让对方信服，陈默展示了联盟监测到的宇宙各类异常数据，以及应对危机的技术和策略。神秘文明代表看到这些详实的资料后，内部展开了激烈讨论。最终，他们提出一个折中的方案：联盟可以继续探索，但必须允许神秘文明派遣观察员加入探索队伍，实时监督联盟的行动。
陈默和秦轩权衡利弊后，接受了这一方案。随后，双方签订了初步的和平合作协议，约定在资源共享、危机应对等方面展开合作。回到联盟后，陈默和秦轩向众人汇报了此次谈判的结果。尽管部分成员对神秘文明的加入有所担忧，但多数人认为这是避免冲突、促进交流的好机会。
不久后，第一支由联盟和神秘文明成员共同组成的探索小队出发，前往一处疑似蕴含丰富能源的星系。然而，当他们到达目的地时，却发现这里弥漫着一股诡异的能量波动，似乎隐藏着不为人知的危险，而这股能量波动与之前出现的各种宇宙危机似乎有着千丝万缕的联系 。